Рус дипломатияси Тошкентни истило қилгунга кадар, аввал Хива хонлиги, кейин Қўқон хонлиги билан бўлган ҳисоб-китобларида Бухоронинг иложи борича бетараф бўлишига ҳаракат қилди ва бунга муваффақ бўлди ҳам. Фақат Русиянинг Ҳиндистонга яқинлашмоқ учун бу давлатни босиб олиш мақсади очиқ қолди. Яъни илк фурсатда Бухоро ҳокимиятига зарба бериш хусусидаги вазифа фақат бироз орқага сурилди. Русия Бухорога савдо соҳасидаги шерик сифатида карарди. Чунки Бухоро хомашёга бой эди. 1839 йили Русияга Бухородан 2 513 912, 1840 йили 3 283 654 сўмлик мол чиқарилди(Хаников, Описание, 171-6.). Айни замонда Кобул, Кашмир ва Ҳиротга жўнатилган рус товарлари Бухоро орқали ўтар эди. Яна 1846 йилда Петербургда сиёсий нуқтаи назардан Бухоро Русия учун таҳликали деган фикр хукмрон эди(Халфин. Присоединение., 171-6.). Фақат Тошкентни босиб олгандан кейингина Русия ўзининг Бухоро бўйича олиб бориладиган сиёсатини тамоман ўзгартирди.
1865 йил 25 июнда амир Музаффар Черняевга ёзган мактубида руслардан Тошкентдаги аскарларини олиб чиқиб кетишни талаб этди. Музаффар 10 июнда Искандарбекни ҳатто Тошкент ҳокими қилиб тайинлади, ле-кин уруш ҳамон давом этаётганлиги учун бу зот Тошкентда бирор иш қила олмади. Черняев Тошкент оқ подшо амри билан босиб олинганлигини ва фақат унинг амри билан шаҳарни тарк этажагини билдирди. Амир Хўжандни фатҳ этишни буюрди ва Тошкентга юриш ўрнига Қўқонга бурилди. Бу тарихий хато эди, чунки Тошкентга даъвогар бўлган Бухоро русларга қарши юриши мумкин эди. Руслар Тошкент учун бўлган жанглардан сўнг шундай ҳорғин ҳолга келгандиларки, яна бир жангни хаёлига ҳам келтира олмасдилар 1865 йил июлида амир Нажмиддинхўжани Петербургга элчи қилиб жўнатди, аммо бу элчи фақат Казалинскка етиб борди ва у ерда ушланди. Шу сабабли Нажмиддин диплома-тик қоидалар бузилмаслиги лозимлиги ҳақида элчилик номидан шикоят килиш учун Мулла Фатхиддинни Петербургга жўнатди. Элчи бу ерда қабул қилинмади ва кичик бир маъмур томонидан элчининг Оренбург бош волисига - Крижановскийга мурожаат килиши лозимлиги билдирилди. Черняев Оренбург билан Тошкент орасида бўлган бухоролик савдогарларнинг ушланиши ва моллари мусодара қилиниши ҳақида буйруқ берди. Бундай ҳаракатни Русия ташқи ишлар нозири Горчаков «варварларча бир тадбир» деб изохлади(Халфин, Политика., 217-6.). У бундай муомала Бухоро билан Қўқоннинг Русияга қарши бирлашишга олиб келишидан қурқарди. Осиё бўлими мудири Стремоумов Бухоро савдогарларига тазйиқни тўхтатишни талаб қилди, чунки Бухородан рус савдогарлари соғ-саломат қайтаётган эдилар.
Амир 1865 йил июлида Имонхўжани Тошкентга - Черняевга жўнатди. Имонхўжа Нажмиддин бошчилигида Петербургга кетган элчиликнинг ушланишига норозилик билдирди. Ўзаро муносабатларнинг яхшиланиши ва Бухорога бир элчи юборилишини сўраб илтимос қилди. Бу орада Черняев қўл остидаги русларнинг бир томонлама ҳаракатлари сабабли ўзаро муносабатлар бузилди.
Руслар Бухоро чегарасида - Сирдарё атрофида ичкари кириш учун зўр бериб ҳаракат қилар эдилар. Бухоро бунга қараб тура олмас эди. Рус ва Бухоро қисмлари орасидаги дастлабки жанг 1865 йил сентабрида Чирчиқ ирмоғида бўлди. Бухоронинг бу туманидаги волиси Рустамбек жангда мағлуб бўлди. Аммо руслар ҳам шахдам илгарилашга журъат қила олмадилар. Фақат ПиСкентни ишғол қилдилар. Бу жанг сабаб ҳар икки давлат 1865 йил сентабридан эътиборан уруш ҳолатига кирди. 1865 йил октабрида Черняев Струва бошчи-лигидаги ҳайъатни Бухорога юборди. Бу ҳайъат фақат сиёсий музокаралар юритибгина қолмай, айни замон-да Бухоро ҳақида, ҳарбий ҳолати ҳақида маълумотлар тўплаши керак эди. Ҳайъат аъзоларининг барчаси офицерлар эди. Улар Самарқандда ҳибсга олинди(Казанцев., 172-6.; Халфин, «Присоединение» 216-бетга биноан элчи ва унинг шериклари қамоққа олинган.). Черняев 1865 йилнинг 7 декабрида Бухоро амиридан ҳайъатни озод қилишни талаб этди. Бухоро бу талабга жавоб бермади. Ҳайъатни қутқариш баҳонаси билан рус қисмлари 1865 йил 12 январда тўғри Чинозга юриш бошлади. Черняев 16 қисм, 6 казак юзлиги ва 16 тўп билан Сирдарёни кечиб, Жиззахни ишғол қилиш учун сафарга чиқди. 1866 йил февралида амирнинг қўшинлари бу босқинчиларни қонга ботириб, орқага қувиб юборди. Черняев қўшинларидан орқада қолганлари эса яна Сирдарёнинг ўнг қирғоғига қайтди. Шундан сўнг русларнинг уруш машинаси тухтаб туришда давом этди. 1866 йил март ойидаги Жиззах можароси туфайли Черняев ишдан бўшатилди. Русларнинг ре-жаларини амалга ошириш Д.И. Романовскийга топширилди.
1866 йил майига қадар ҳар икки тараф орасида аҳён-аҳёнда моҳиятсиз тўқнашувлар давом этди. Руслар Бухорога қарши куч тўпларди. 1866 йил 5 майда Бухоро жавоб юриши қилди. Руслар Ержарга эришди. 7 майда икки душман кучлари юзма-юз келди. 8 майда Русия билан Бухоро орасидаги урушнинг натижасини белгилайдиган жанглар бошланди. Руслар агар Бухоро ҳар-бий қисмлари Ержар жангида ғолиб чиқса, шу кунга Қадар босиб олган ерларини йўқотишларини яхши билгани ҳолда урушни бошладилар(Романовский, Заметки., 62-6.). Бухоро 5000 шаҳид бе-риб, жангда мағлуб бўлди(Романовский., Заметки., 213-6.; Казанцев, 181-бетда Бухоро 1000 кишини йўқотганини билдиради.). Ержарда бой берилган бу жангдан сўнг Бухоронинг келажаги, ҳатто мавжудлиги таҳлика остида қолди(Vambery, Geschichte. Bocharas, 208-6.: «Бухоро Туркистоннинг жуда муҳим жанг майдони бўлган Ержар жангида мағлубиятга учради. Бу билан Бухоро 1000 йиллик давлат мустақиллигини, эътиборини ва Марказий Осиёнинг бошқа миллатлари наздидаги обрў-эътиборини, шу билан бирга, исломнинг ички Осиёдаги нуфузини бой берди».).
Русларнинг Ержар зафаридан оқ подшо ниҳоятда хурсанд бўлди. Бу жанг русларга Бухоро амирлиги ерларида бошқа янги зафарлар қозонишга туртки берди. Эски қора ният - Хўжандни босиб олиш кун тартибига қўйилди. 1866 йил 20 ва 25 майларга қадар бу шахдр учун кураш давом этди. Ўруслар голиб келди. Бухоро жуда кўп миқдорда аскарлар йўқотди(Казанцев, 195-бетга мувофиқ Бухоро 2000 дан ортиқ аскарини йўқотди: Романовский 213-бетга кўра 5000 аскарини, Макшеев, 246-бетга кўра, 2500 аскаридан ажралди.) ва 24 майда шаҳарни тарк этишга мажбур булди. Амир Музаффар уруслар билан музокара йўлини ахтарди. У Крижановский билан сулҳ шартлари ҳақида кўришиш учун 1866 йил сентаб-рида Мирхамидиддинни Хўжандга юборди. Крижанов-ский Бухоро амирлиги Қўқоннинг ички ишларига аралашишдан воз кечишини, Қўқон хони Саид Султоннинг ўрусларга таслимини, уруш харажатини қоплаш учун 100000 тилла (олтин пул 400000 сўм] тўлашини ва бу шартларини 12-23 сентабрга кадар бажарилишини та-лаб қилди(Barthold, II, 1, 402-6.). Бу шартларга элчининг норозилик билдириши имконсиз эди. Бир битимга келинмади. 1899 йил сентабрида ўруслар Ўратепа, Жиззах ва Янгиқўрғонни босиб олиш учун тайёргарликни кучайтирдилар. 7 сентабрда Ўратепа қальасини қуршадилар, мудофаада 15000 дан ортиқ туркистонлик шаҳид бўлгандан сўнг 2 октабрда Ўратепани босиб олдилар(Романовский, 213-6.ҳақида ўрус тарихчиси: «Қалъа бир кон воҳаси ҳолига келди» дейишгача борди. Ўратепани ишғол қилган генерал Романовский 1866 йил 7 октабрда шуни маълум қилади: «Оллоҳнинг ёрдами билан умид қиламизки, Бухоро учун алоҳида аҳамиятга эга бўлган бу қалъанинг қўлга киритилиши Ўрта Осиёда Ўрусия салтанатининг мустаҳкамланиши нуқтаи назаридан ва бу мамлакатда турли йўналишдаги сулхдар тузилиши борасида ҳам буюк аҳамияти бордир»(Романовский, 241-6. Anwar Khan, 113-бетга биноан Ўртатепа қалъасида 18 бек ва 10 000 мудофаачи бор эди. Бекларнинг 16 нафа-ри, мудофаачиларнинг 6000 нафари шаҳид бўлди.). Ўратепа урушидан сўнг рус-лар Янгиқўрғон қалъасини ҳам осонликча қўлга киритишди. Бу қалъанинг Бухоро қўмондони Афғонистондан келган Искандархон хиёнат килиб, ўт очмаслик ҳақида буйруқ бериш билан қалъани босиб олишларини енгиллаштирди(Лўғрухди Искандархон Афзалхоннинг Балхдаги генералларидан бири эди. 1864 йили июнида Афзалхоннинг ўғли Сардор Раҳмонхон Бухорога қочганида, уни ўзига кузатувчи қилиб олди ва ўшандан бошлаб Бухоро қўшинининг разведкасига (қўл қўшинига) бошчилик қилди. Қаранг: Khokand, 20-6. Куропаткин 8000 аскари билан Самарқандга киришида ўзига Искандарбекни эргаштириб олди. Қаранг: Vambery, Geschichte Bocharas, 216-6. Искандархон Са-марқанд мудофаасида русларга қаршилик қилишга монелик қилди: Қиёсланг: Togan, Bugunkii Tiirkistan, 229-6. Искандархон русларнинг Туркистондаги кейинги босиб олиш сиёсатида муҳим роль ўйнади. У рус қўшинининг алоҳида имтиёзларга эга бўлган генерали дара-жасига эришди. Терентьев, История, 413-бетга кўра Ўрта Осиёнинг энг яхши одамларидан бири эди». Қиёсланг: Barthold, II, 403-404-6.; Togan, 232-бетга кўра у 2000 афғон билан Бухоро хизматида эди. Barthold, II, 1, 403-б.га қаранг.). Уруш оқибати). Янгиқўрғондан руслар 21 кучли бўлинма, 5 та казак юзлиги ва 16та тўп билан Жиззахни бостирдилар. Бу шаҳар ҳам 1966 йил 2 октабрида ишғол қилинди. Руслар 1868 йил март ойининг охиригача Бухоро ерида охирги жанг учун ҳозирландилар. Бухоро ҳам мудофаа тадбирларини кўрди. Амир сулҳ тузиш чорасини излади. 1867 йили майнинг бошларида ақлли ва уста музокарачи, мухтор элчи Мирзабекни Оренбургга юборади. Элчи Оренбург бош волисидан икки давлат орасидаги чегара Сирдарё бўйлаб ўтишини талаб қилди. Руслар бу таклифни рад этдилар.
Мирзабек Тошкентга қайтди ва 1868 йилнинг март ойигача шу ерда қолиб, фон Кауфман билан музокаралар олиб борди. Сулҳ учун қилинган барча ҳаракатлар зое кетди. Руслар бошқа ерларни босиб олиш мақсадида бўлганликлари сабабли сулҳ тузишни орқага сурардилар. 1868 йил 1 апрелда фон Кауфман қўлидаги 9700 рус аскари ва 412 тўп билан Самарқандга тўғри юра бошлади. Бундан бошқа касалхоналарда 12000 аскар бор эди(Kuropatkin, Geschichte des Feldruges, 32-6; Von Vartenburg 51-бетга биноан уларнинг жами 11511 нафар бўлиб, 263 нафари офицер (субаи) эди. Anwar Khan, 102-бетига кўра, Русия Бухорога қарши 20 000 аскарини сафарбар қилган.). 1 майда Самарқанднинг Чўпонота мавқеида жанг бошланди. Бухороликлар бужангдаҳам мағлуб бўлди. Бу билан Самарқандни сақлаб қолиш умиди узилди(Ўзбекистон тарихи. II. 95-6. Самарқанднинг жангсиз таслими, кейинги вақтда кўпгина нотўғри талқинларга йўл очди. Масалан, 1948, Akdes Nimet kurat, Rusya tarihi, Ankara 350-бетда шуни билдиради: «Кауфман 3500 аскари билан Туркистоннинг энг катта шаҳари - Самарқандни бир ҳамла билан қўлга киритди». Турк газетачиси Илхон Салжуқ газетасининг 1967 йил 2 февраль сонида шундай ёзuан эди: «1868 йили 3500 рус аскари 60000 кишилик Бухоро қўшини-ни енгиб, атиги 2 нафар ўлган ва 38 ярадор ҳисобига Туркистоннинг юраги бўлган Самарқанд шаҳрини қўлга киритди». Шунга эътибор бериш керакки, ҳар икки томондан жанг қатнашчиларининг миқдори ҳақидаги маълумот нотўғридир. Бухоро амири Русия босқини даврида 4500 мунтазам аскар ва 30 кўнгилли миршабдан иборат қўшинга эга эди. Қиёсланг: Khokand, 20-6; Романовский: 213-бетда амирнинг 100 000 кишилик қўшини ҳақида маълумот берилади, бу ғирт ёлғондир.). Руслар жанг суръатини кучайтирди ва Бухоронинг мағлубиятидан фойдаландилар. 1868 йил 2 майда руслар Са-марқандни босиб олдилар. Қисқа жанглардан сўнг (14-17 май) 18 майда Каттақўрғонни ишғол қилишди. Каттақўрғон учун бўлган жангда икки душман кучларнинг бир-бирига зид қарашлари бор эди(Асли Сибирь казаги бўлиб, мусулмонликни қабул қилган Бухоро қўшини қўмондони Усмоннинг Каттақўрғон мудофааси даврида берган буйруғида шундай дейилади: «Биз Темурнинг набираларимиз. Мусулмонлар ватани ва дини учун қандай жанг қилишларини кўрсатамиз». Руслар эса шундай шиорни ўртага ташлаганди: «Олдимиздаги жанг 300 йилдан бери давом этиб келаётган буюк Петр тарафидан ўртага ташланган ҳисоб-китобга якун ясайди». Қаранг: 153-6.). Бу ер сўнгги бир жанг учун муҳим мавқе эди. Бу мавқени қўлда сақлаган томон зафар қучиши мумкин эди. Амир Чўпонотадаги жангдан сўнг қўшинининг урушиш қобилиятини жонлантиришга киришган эди. 2 июнда Зирабулоқдаги уруш ҳам Бухоро қонли мағлубиятга учраган бир жанг бўлди(Kuropatkin, Geschichte des Feldruges, 32-6: «Жангда мунтазам пиёда қўшинининг катта бир қисми Зирабулоқ тепалигида талафот кўрди, жанг майдонини янги «қизил кийим» кийган жасадлар кўплаб ўлди».). Бухоронинг енгилиши, айниқса, Ержар жанги ва Самарқанднинг қўлдан чиқарилиши беклар, дин ар-боблари ва халқ оммаси турли табақаларининг амирга қарши норозилигини туғдирди(Ержар жангидан сўнг беклар, шайхлар, дарвешлар, савдогарлар, санъаткорлар ва тиланчиларнинг барчаси то қўл билан бўғишгунча бўлса ҳам курашни давом эттириш учун бирлашдилар. Амир ўз фуқаросининг ишончини йўқотган эди. Қиёсланг: Vambery, Geschichte. Bocharas 213-214-бетлар.). Шаҳрисабз беги Жўрабек ва Китоб беги Бобобек Самарқандни қайтариб олиш ташаббусини ўз қўлларига олдилар. Бу харакатга амирнинг ўғли Абдулмалик (бошқа оти Катта Тўра) ҳам қўшилди.
Амир 1868 йил майида қандай шарт билан бўлса ҳам сулҳ тузиш учун астойдил киришди. Русларнинг сулҳ шартлари жуда оғир эди. Туркистон бош волиси фон Кауфман Бухоро 8 йил давомида 1 500 000 тилла (14 600 000 сўм) товон тўласа, Самарқанд мустасно, Каттақўрғондан Янгиқўрғонгача бўлган ўлкалар Бухорога қайтарилишини ёки ишғол қилинган барча ўлкалар рус мулки эканлигини Бухоро тан олса, 125 000 тилла товон тўлаши кераклигини талаб қилди(Barthold, II. 1, 404-406-бет.). Жуда оғир уруш харажати туфайли Бухоро хонлигининг хазинаси бўшаб қолганди. Ниҳоят, 1868 йил майида Бухоро сулҳ ахдномаси тузилди. Урушни давом эттиришга ҳаракат ва қарор қилган ҳамда Қарши шаҳарини ўз ҳаракатларининг таянч нуқтаси қилиб танлаган Жўрабек, Бобобек, шаҳзода Абдулмалик, Ҳакимбек (Шаҳрисабз атрофи хукмдорларидан бири) ва Султон Содиқ (Туркистон ва Тошкентнинг машхур мудофаачиси) каби йўлбошчилар атрофига 40 000 кўнгилли тўплаб, 1868 йил 14 июнда Самарқандга юриш бошладилар ва русларни Самарқанддан улоқтириб ташлашга интилдилар. Бу буюк ҳаракатга Самарқанд аҳолиси ҳам қў-шилди. Руслар қалъани мудофаа қилди ва 14-15 июнда тахминан 150 қурбон берди. Рус гарнизони 4 бўлинма, 95 истеҳкомчи, 25 казак бўлинмаси ва 8 тўпдан иборат эди. Жанг сўнгида фақат 36 рус аскари тирик қолди(Кураш жараёни ҳақида батафсил маълумотучун қаранг: Abara, 152-160-6. Abara, 161 бетда ўрусларнинг Самарқанддаги ҳарбий кучи 9 тобур (полк)дан иборат деб ёзади.). Туркистон бош волиси фон Кауфман Бухоро шаҳрига кириш ниятида эди. Серпулдаги жангни энди тугатган-да, 4000 аскари билан Самарқандга юришга мажбур бўлди. У асосий қисми таёқ, пичоқ ва темир чувуқлар билан қуролланган халқ тўдасига 16 июнда орқадан ўт очиш буйруғини берди. Бу сафар амир русларнинг иттифоқчиси бўлди. Агар Абдумалик Самарқандда зафар қучса, ўзининг тахтдан тушиши қўрқуви билан амир ҳокимиятини асраш ҳаракатига тушди. Энди амир ўз ўғлига қарши юриш қилди. Дастлабки тўқнашув Чи-роқчида бўлди. Русларнинг мухолифлари Султон Содиқ Абдулмаликни ва Самарқандни қўллаб-қувватлаш учун Нурота тоғларидан амирга қарши юрди. Амир чорасиз бир ҳолатда эканлигини кўриб, Карманага чекинди. Ўғли Абдулмалик салтанатига моне бўлиш учун амир шаҳзодага қарши мустақил равишда курашишга қарши атрофидаги ҳукмдорлардан Мўминбек тўқсобага мурожаат қилди. Мўмин Самарқанд мудофаачилари йулбошчиларига бир мактуб йўллаб, амир руслар билан ярашгани ва бўлинма бошлиғи Усмон руслар билан бирга катта тўрани (Абдулмалик) жазолаш мақсадида Шаҳрисабзга жўнатилганини маълум қилди. Шаҳрисабзни ҳимоя қилиш учун шаҳзода ўз қўшини билан Самарқанд атрофидаги Дарган ўрдагоҳини тарк қилди. Ниҳоят, руслар Самарқандга ҳужум бошлади. Шаҳзода Шаҳрисабзга етиб келгунча, Мўмин юборган хат ёлғон эканлиги ва у бир тузоқ сифатида битилганлиги маълум бўлди(Sami 90-91-6.). Бу орада руслар қўзғолончиларни тор-мор қилди ва 1868 йил 20 июнда Самарқандни қайта босиб олдилар. Интиқом ҳирсига берилган руслар Самарқанд «шаҳрини кул ҳолига келтиришди: халқнинг мол-мулкини уч кун муддат давомида талон-торож қилишга рухсат беришди»(Kuropatkin, Geschichte. des Fuldruges, 38-6.).
1868 йил 23 июнда амирлик билан Туркистон бош волилиги ўртасида тинчлик битими имзоланди. Бу шартнома бўйича, амир Хўжанд, Ўратепа ва Жиззах шаҳарларини русларга бўшатиб беради, уруш товони сифатида 500000 тилла тўлайди ва Каттақўрғоннинг Ғарбигача бўлган чегарани эътироф қилади. Руслар эса уруш товони тўлаб бўлингунча, Самарқанд ва Каттақўрғонни амирга вақтинча қайтаради. Амир талаб қилинган уруш товонини 1870 йилгача итоаткорлик билан бажариб келган бўлса-да, руслар зикр этилган шаҳарларни амирликка қайтармадилар. Амир 1870 октабрида ўша шаҳарларнинг қайтарилиши масаласини кўриб чиқиш учун Петербургга бир ҳайъат юборди, лекин бу ҳайъат қабул қилинмади (Olzscha-Cleinow, Turkestan, 75-6.). Тинчлик шартно-масига хилоф ҳолда руслар Бухоро амирлиги ерларида ҳарбий ҳаракатларни тўхтатмади. Амирга ёрдам бе-риш баҳонасида Абдумаликка қарши жангда қатнашиб, 1868 йил 23 октабрда Қарши шаҳрини босиб олдилар. Бу сафар амирлик ва рус аскарлари бир жабҳада бўлишди. Шахдода Бухорони тарк этишга мажбур эди: 1868 йил 22 декабрида Хивага боради. Бу ердан Қошғарга ва 1873 йили Ҳиндистонга кетди. 1909 йили Петербургда вафот этди(Barthold, II, 1, 3. 407. Togan, Bugiinkii, 232-6. Жўрабек ва Бобо-бек руслар ташвиқотига учиб, Худоёрхондан юз ўгириб, 1870 йилда Бухоро амирига таслим бўлдилар., Barthold, II. 1, 403-6; «Ниҳоят, руслар сиёсий қочоқларни қайтариб бериш одатини Ўрта Осиёга суқиб киритдилар». Жўрабекнинг фавқулоддаги имтиёзлари ҳақида керагича маълумот Engene Schuylar, Turkistan, Edited. With on introduction by Geoffery. Wheeller, London, 1966. 45-46 саҳифаларида суратлари билан берилган.). Шаҳрисабз беги амирлик билан тузилган тинчлик битимини ўзига дахли йўқ, деб ҳисобларди. Қарши сафаридан тахминан икки йил кейин руслар бу шаҳарни ҳам қўлга олдилар ва амирликка қўшиб бердилар. Бухоронинг мағлубиятидан сўнг бир қанча беклар (хукмдорлар) турли ерларда ўз мустақилликларини эълон қилишди. Булар орасида Кўлоб, Ҳисор ва Сурхондарё беклари бор эди. Булар русларнинг ёрдами билан 1869 йилда Бухоро ҳокимияти билан бирлашди-лар. Худди шундай Денов беги Абдулкарим додҳо ҳам мустақиллик эълон қилган эди. Абрамов қўмондонлигидаги русларнинг юриши билан 1870 йилдан бери мустақил бўлган кичик-кичик бекликлар (Мастчох Фалгар, Фон, Киштут, Моҳиён) мустамлака қилиниб, рус идорасига ўтишга мажбур бўлдилар. Ташқи сиёсат таъсиридами ёки ҳар икки томондан ортиқча қон тўкилмаслиги учунми, ҳар ҳолда руслар амирликни тўлиқ босиб олишга журъат этмадилар.
Тинчлик битимидан сўнг Ғузор, Қарши ва Шаҳрисабздан 3000 киши - уламо, шайх, талабалар - русларнинг мамлакатда ҳокимлик қилишга қарши урушни давом эттирмоқ учун қасам ичдилар. Карманада амир Музаффарга илтимосларини топшира туриб: «Бизнинг раҳбаримиз бўлиб, динсизларга қарши чиқинг! Уруш майдонида кўз ўнгингизда ўлишга ҳозирмиз; ундан кейин хоҳлаган ишингизни қилинг! Агар йўлбошчимиз бўлишга рози бўлмасангиз, у ҳолда ғайридинларга қарши курашни олиб боришимиз учун лутфан бизга от ва ҳарбий ёрдам беринг. Шундагина бу ерда (саройда) қола оласиз ва яхши ҳаёт кечира оласиз!» деб орзуларини билдиришди(Barthold, II. 2, 404-405-бет.). Бу истакни амир рад этди. Русларнинг ёрдами билан ўз зурриёди Абдулмаликни қувишда давом этди. Балки Ру-сия учун ички низолар натижасида ночор ва заиф бўлиб қолган амирнинг ҳокимиятда қолиши Бухоронинг барча ерларини босиб олишдан кўра афзалроқдир. Рус раҳбарияти бевосита Амударёга чиқиб, инглизларни ҳаракатга келтиришни истамасди. Ўша замонларда ҳам ислом дунёси мавжуд эди, фақат нима учундир овози чиқмасди: Туркия ташқи Оврўпонинг давлатлари орасида кучсиз эди ҳамда парчаланиб кетганди.
Бухоро билан Русия орасида 1873 йилга қадар Бухо-ро ҳокимияти доирасида русларнинг назорат қилиш хуқуқини эътироф қиладиган ҳеч қандай битим йўқ эди. 1873 йилда Хива хонлигининг босиб олинишидан сўнг Русия Бухоро сиёсатига оид янги бир имкониятни қўлга киритди: Хивадан Амударёга борадиган йўлни босиб олди. Бухоро билан Русия орасида рус кемаларининг Амударёда эркин юриши ҳақида ҳеч кандай шартнома йўқ эди. Бундан ташқари Самарқанд Бухорога ёки Русияга қарамл игини кескин аниқлаган хужжат ҳам йўқ эди. Самарқандни Русияга қарамлигини қатъийлаштириш фон Кауфманнинг орзуси эди. У Ўрта Осиё тарихи ва дини нуқтаи назаридан машҳур марказий нуқтаси бўлмиш Самарқандга ҳоким бўлиш Бухоро амирининг бу ердаги мусулмонлар орасидаги фавқулодда обрўсини мутлақо тушириши ва Самарқандда - Зарафшонда тўғон қурилган тақдирда Бухоро шаҳри ниҳоятда оғир вазиятга тушиши бу ҳокимият соясида шаҳарни тобе ҳолга олиб келади(Халфин. Политика, 232-6, dipnot 113.) деган фикрни илгари сурди. Русия раҳбарияти Самарқандни ўз давлатига қўшиб олиш замони келганига ишонч ҳосил қилди.
Русия 1873 йили Бухоро амирлигини янги бир битим тузишга мажбур қилди. 1873 йил 28 сентабрда икки давлат орасида 18 моддадан иборат янги бир шартно-ма имзоланди. Бухоро амирлигининг тагига сув қуйган бу шартномани амир Саид Музаффар Баҳодир ва Туркистон бош волиси фон Кауфман имзоладилар. Русия Самарқанд ва унинг атрофи ўзига берилишини, Бухоро мустақил ташқи сиёсат юритмаслигини, Русия Бухорода савдо эркинлигининг ҳамма кўринишидан фойдаланишини ва бу ерда рус сиёсий комиссияси бўлишини Бухоро амирини қаттиқтазйиқостига олиб, мажбурлаб ўтказди(Бу сулҳнинг матни учун қаранг: Boulger, England and Russia and Central Asia. 383-38-6.). Шундай қилиб, Бухоро амирлиги Русия назорати остига олинди(Ўзбекистон тарихи, II, 2.96-6.). Амир Бухоронинг кичик чегараси ичидаги халққа хукмрон эди. Русия эса Туркистон бош волиси воситасида амирга хукм ўтказар эди. Бухоро 1873 йилдан 1918 йил мартигача, яъни Совет тузуми тарафидан мустақиллиги тан олинмагунча 45 йил Русиянинг қўл остида қолди. Бу даврда амирлик давлат шаклида мавжуд бўлган бўлса хдм унинг сиёсатини Русия белгилаб берар эди.

Др.Боймирза Ҳайитнинг
"Туркистон Россия ва Хитой оралиғида" китобидан