Хитойлар 1766, 1815 йиллар орасида жиддий урушларга киришмай, асосан, қўшини ва ерлик беклар ёрдамига таянган ҳолда Шарқий Туркистондаги ҳукмронлигини давом эттирди. Бу давр мобайнида улар Шарқий Туркистонда ўзига хос шаҳар-давлат тузилишига барҳам бериб, Хитой идора усулларини ўрнатдилар. Алоҳида олинган ҳеч бир шаҳарга алоҳида бир бек бошчилик қилишига йўл қўймадилар. Бу билан эски асил-зодалар давлат ишларидан четлаштирилди. Хўжалар ё ўлдирилди, ёки мамлакатдан қувилди. Фақат 1816 йили тошбалиқлик Зиёвуддин Охунд бошчилигида хитойларга қарши кўтарилган қўзғолондан сўнггина хитойлар Шарқий Туркистоннингҳимоя кучлари қирилиб битмаганини кўрдилар. Бу қўзғолон ўша йилнинг ўзидаёқ бостирилди. Қўзғолон раҳбари қатл қилинди. Аммо Зиёвуддин Охунднинг ўғли Ашрафбек қўзғолонни давом эттирди. Шу боис хитойлар энди Шарқий Туркистонда ўзларига илгаригидек бино қўя олмай қолдилар. 1826 йилга қадар аҳён-аҳёнда Хитой гарнизонларига ҳам ҳужум бўлиб турди.
Қўқон хонлигига қочган Бурҳониддин Хўжанинг ўғли Хўжа Саодат Али (Саримсоқ) Хитойга қарши урушларда жуда катта обрў-эътибор қозонди. У Шарқий Туркистондаги ҳимоя кучларини тўплашга ҳаракат қилди. 1861 йилги қўзғолоннинг етакчиларидан бири ҳам ўша киши эди. Хўжа Саодат Али 1820 йили Қўқонда вафот этди. Унинг Муҳаммад Юсуф (Матюсуф), Фахриддин ва Жаҳонгир исмли уч ўғли бўлиб, улардан 1783 йили туғилган ўғли Жаҳонгир Хитойга карши курашлари билан шуҳрат қозонди. У Андижон атрофидаги мудофаачилар бирлигини вужудга келтирди ва Андижон қалъасининг собиқ қўмондони Исо додҳо саркардалигида 1826 йилнинг бошларида Қошғарга юриш қилди. Хитойлар Давлатбоғда мағлубиятга учраб, қалъага беркиндилар. Жаҳонгирнинг аскарлари 1826 йил май ойида Қошғарга мустаҳкам ўрнашиб олди. Ўша йилнинг июнь ойида Қошғарга Қўқондан Муҳаммадалихон қўмондонлигида 15000 аскар келиб қўшилди на 70 кунлик қамалдан сўнг хитойларнинг Қошғардаги қалъаси Гулбоғ қўлга киритилди.
Жаҳонгир Шарқий Туркистон султони (ҳукмдори, деб эълон қилинди. Хитойларнинг Қошғардаги мағлубияти Янги Ҳисор, Ёркент ва Хўтан аҳолисини руҳлантириб юборди. Улар ҳам хитойларни ўз ерларидан қувиб, Жаҳонгирни ҳукмдор сифатида тан олишди. Жаҳонгир билан Қўқон хони Муҳаммадалихон орасидаги келишмовчилик Қўқон қўшини Қошғарни ташлаб чиқиб кетишига сабаб бўлди. Хитойлар айнан шуни кутиб турган эди. Улар ҳарбий кучларини Оқсувда тўплаб, 1827 йилнинг февраль ойида 60 000 аскар билан Қошғарга юриш қилдилар. Айни шу йилнинг апрель ойида шиддатли жанглардан сўнг Жаҳонгирнинг кучлари тор-мор қилинди ва у Олой тоғларига қочди. Хитой-лар 20 000 аскар билан унинг изига тушди. Қўқон хони Муҳаммадали Исо додҳога Ўш теварагидаги Сўфиқўрғон ва Қизилқўрғон қалъаларини хитойлар ҳужумига қарши тайёрлашни буюрди. Баъзи маълумотларга кўра, Жаҳонгир 1828 йилда хитойлар томонидан Олойда ушланиб, Пекинга жўнатилади(Хитойлар Жаҳонгирнинг бошини келтирганга 200 кумуш ёмби, уни тириклай келтирганга ҳукмдорнинг ўз шаҳридаги мулкини беришни ваъда қилдилар. Бу вазифани кучалик Ашурбек бажарди. Куропаткинга кўра (Кашгария, 116-6.) Жаҳонгир Олой водийлик Мометбек деган шахс томонидан қўлга олинган, 217-бетига кўра Жаҳонгир Жангободдаги бир жангдан сўнг хитойлар томонидан асир олинади.) ва у ерда даҳшатли бир тарзда қатл қилинади(Жаҳонгир (1783 - 1828) темир қафасда Пекинга юборилди ва у ерда халқ орасида сазойи қилинди. Хитой императори шахсан ўзи уни кўрмоқчи эди. Сарой маъмурлари бунга қарши эди. Чунки улар Жаҳонгир императорга шикоят қилишидан андиша қилардилар. Шунинг учун у императорга юзлаштирилгунига қадар тили кестирилди. Жаҳонгир император сўроқларига жавоб бера олмади. Император уни парча-парча қилиб, гўштини итга ташлатди. Қаранг: Куропаткин, 116-6. Хитойларга Жаҳонгирни тутиб бергани учун Ашурбек Куча ҳукмдори бўлиб олди.).1828 йили хитойлар Қошғардан 12 000 мусулмонни Ғулжага сургун қилиб, уларга деҳқончилик (таранчи) билан шуғулланиш топширилди. Шарқий Туркистоннинг Жаҳонгир бошчилигидаги мустақиллиги саккиз ойгина давом этди.
1826 - 1827 йилларда Шарқий Туркистон мустақиллигига барҳам берилиши ҳали Хитойнинг тўлиқ хукмронлиги ўрнатилди, деган гап эмас эди. Жаҳонгир енгилиши билан Қўқон хонлиги Шарқий Туркистон муаммосини ҳал қилишга бел боғлади. Қўқон хонлиги Қоратегин, Дарвоз ва Кўлобни қўлга киритгач, Хитойга қарши курашда ўзини эркин ҳис қилар эди. Муҳаммадалихон Бухорода яшаётган Жаҳонгирнинг укаси Муҳаммад Юсуфни 1829 йилда Қўқонга чақиради. У табиийки, Шарқий Туркистон салтанатига даъвогар эди. Хон Муҳаммад Юсуф ихтиёрига Ҳаққули кўмондонлигида 20 000 аскар ажратди. Бу қўшин 1830 йил сентабрь ойида тўғри Қошғарга юрди. Қўқон ва Хитой қўшинлари орасидаги дастлабки жанг Қошғарга 45 км етмасдан Мингйўлда бошланди. Хитойлар бу дастлабки жангни ютқазди. Қўқон қўшини Қошғарға кирди. Қўқон лашкарининг бир қисми Янги Ҳисор, Ёркент, Хўтан ва Оқсувга юриб, бу шаҳарларни қўлга киритди. Муҳаммад Юсуф Шарқий Туркистон хони ўлароқ эълон этилди. Ноябрь ойида Бухоронинг таҳдиди туфайли Қўқон лашкари Шарқий Туркистонни тарк этиши лозим бўлди. Натижада Муҳаммад Юсуф уч ой ичида хитойлар томонидан тор-мор қилинди. Шунга қарамай, бууруш Қўқон хонлиги фойдасига якунланди. 1831 йили Қўқон элчиси генерал Олимнинг Пекинда тузган шартномасига кўра, хитойлар Шарқий Туркистоннинг олтита шаҳри божини назорат қилиш ҳуқуқи Қўқон хонлигида эканлигини эътироф этади.
1846 йилда Катта Тўра (Муҳаммад Амин) бошчилигидаги етти нафар Хўжа(Бошқа 6 нафар хўжа қуйидагилардир: Кичикхон, Бузрукхўжа, Валихон, Таваккалхўжа, Оқилжонхўжа. Барчаси хдм Оппоқхўжа авлодларидан тарқалган эди.), бу сафар Қўқон хонининг изнисиз, 1000 нафар қуролланган йигитлар билан Қошғарга юрдилар. Улар 1847 йил август ойида Қошғарни ишғол этишга муяссар бўлдилар ва Катта Тўра хон деб эълон қилинди. У хон бўлгач, куч тўплаб Хўтанга, Тавак-калхўжа эса Оқсувга ҳужум уюштиришди. Хитойлар бу шаҳарлардан чекинишга мажбур бўлдилар. Шу билан бирга, хитойлар Қошғарни қайтадан ишғол қилиш ниятидан ҳам воз кечмаган эдилар. Улар 20 000 аскардан иборат қўшинни Оқсувдан Ланжоу ва Урумчидан Қошғар атрофига жўнатдилар.
Хўжалар 1848 йилнинг январь ойида Маралбоши жангида мағлуб бўлиб, Қошғардан қочишга мажбур бўлдилар. Улар билан бирга 10000 га яқин кўчманчилар Қошғарни ташлаб, Қўқон хонлиги тасарруфига йўл олдилар. Катта Тўра Ўшдан 110 км масофада бўлган Сўфиқўрғонда Қўқон маъмурлари тарафидан қамоққа олинди. Натижада хитойлар 1831 йили Қўқон хонлиги билан тузилган шартномани янгидан тан олишга мажбур бўлдилар.
Валихон ва Кичикхўжалар Қошғарга кириб олиш учун 1855 - 1856 йилларда бир неча бор муваффақиятсиз уриниб кўришди. 1857 йил 16 майда Валихон ўз одамлари билан Ўш билан Қошғар ўртасидаги Оқ Салор қалъасини, яъни Қўқон тупроғини тарк этиб, тўғри Қошғарга юрдилар. Шаҳарни қўлга киритиб, Валихон Шарқий Туркистон ҳукмдори сифатида эълон қилинди. Унинг одамларидан бири бўлмиш Тиллахўжа янги Ҳисор ва Ёркентга юрди. Бу шаҳарлар ҳам Валихон ҳокимиятини тан олди. 1857 йил август ойида 12 000 хитойлик Урумчидан Қошғарга юрди ва сентабрь ойидаги жангларда ғалаба қозониб, ҳокимиятни қайта қўлга киритдилар. Валихон 150 кунлик ҳукмронликдан сўнг 150000 одами билан Дарвозга чекинишга мажбур бўлди. Валихон Дарвоз ҳукмдори Исмоилшоҳ томонидан асир олиниб, Қўқон хони Худоёрга топширилди. Хитойлар Валихон тарафдорларидан Шарқий Туркистоннинг Оқ тоғлиқ (тоғлик) гуруҳининг раҳбари Мирмаҳмуд Шайхни таъқиб қилиб, асир олдилар. Танасини парча-парча қилиб, оч итларга ташладилар(Хитойлар агар бировни жуда оғир жазолашни хоҳласа, уни нимталаб, гўштини итларга едиришга одатланган эди.). Қўқон 1858 йилнинг илк баҳорида Хитой билан муносабатини тузатиш учун ҳаракат қилди. Хитой Қўқоннинг Қошғарда таъсирли ваколатхонаси бўлишга розилик берди.
Жаҳонгир бошчилигидаги қўзғолондан сўнг (1826) Шарқий Туркистондаги аҳвол ниҳоятда ёмонлашди Шарқий Туркистон Хитой бош волисининг 1828 йилдаги фармони билан Урумчидаги ҳарбий қисм қўмондонларига йилда бир марта ноҳия бошлиқларининг ишларини текшириш, барча маъмурлар маошини оширишлари, ерлик халқ вакилларидан амалга тайинлашлари ҳуқуқи берилган эди. Бундан ташқари, Қошғарнинг ва бошқа ерларнинг қайта истилоси муносабати билан кўлга олинган ҳамма нарсаларни қўшин ихтиёрига олиниши ва бузилган барча қалъаларни тиклаш ҳақида буйруқ чикарилган эди(Корнилов, Кашгария..., 16-176.). Бу тоифадаги фармонлар тинимсиз чиқарилиб туриши Шарқий Туркистондаги Хитойлар ҳукмронлигига қарши кайфиятни кучайтириб юборди. Шарқий Туркистон мустақиллиги учун кураш унинг ташқарисидан бошланиб, ичкарига ёйиларди. 1826 - 1828, 1846- 1857 ва 1857- 1858 йилларда бўлган озодлик учун курашлар шундай ҳаракатлардан эди. Аммо бундан кейин ёлғиз халқ қўзғолонлари билан Хитой ҳукмронлигини тугатиш қийинлиги англашилди. Шундай қилиб, дунганлар ҳам (Дунганлар диний нуқтаи назардан мусулмон бўлган хитойлардир. Ғарбий Хитой мусулмонлари ҳақида ёзган барча олимлар тез-тез тунганлар ҳақида тўхталади. Фақат Кансуда яшаганлари ўзларини «туркани» дейишади. Ушбу асарнинг 118-саҳифасида муаллиф «Туркани» сўзи туркча «тур» - турмоқ, яшамоқ ва «ган» - яшаб турган, яъни бир ерда муқим яшайдиган, ўтроқ тушунчаларини ифодаловчи қисмлардан ташкил топганлигини кўрсатади. Шарқий туркистонликлар «тунган»ни «дунган» ёки «дўнган» тарзида қўллайдилар. Бу билан дунганлар ислом динини Шарқий туркистонликлардан кейин қабул қилганлигини ифода этмоқчи бўлишади.) Чугучакда(Чугучакнинг олдинги номи Тоставай бўлиб, Чугучак воҳасида жойлашган эди. Жунғорлар замонида у ер Тарбағатой деб номлана бошланди. Қиёсланг: Якиноф, Описание... 108 - 111 б.га биноан бу) 1861 йили Хитой ҳокимиятига қарши қўзғалдилар. Ўша йилиёқ бу қўзғолон қонга ботирилди(Куропаткин, Кашгария, 129-6.: Исён бостирилишида 40000 киши ўлдирилди, шаҳар вайронага айланди ва бу ерда тирик жон қолмади.). Чугучак исёни бир туркум қўзғолонларнинг дебочаси эди. 1862 йил Кучада Рашидиддин Хўжа бошчилигида қўзғолон бўлди. Бу қўзғолон Қорашаҳар, Тўксун ва Турфон шаҳарларига ҳам ёйилиши билан 1864 йили ўзининг авж нуқтасига кўтарилди. Кучалик қўзғолончилар 1864 йилга қадар бу ердаги Хитой гарнизонини ишғол қила олмадилар. Бу қўзғолонларда унинг йўлбошчилари Машур Аҳмад, Мазун, Шамсиддин (дунган йўлбошчиси) ва Алёрбек (уйгур)лар катта хизмат кўрсатдилар. Хитойлар томонида турган ва улар тарафидан Куча беклари қилиб тайинланган Муҳаммад Курбон ва Шаҳриёрлар ўлдирилди. Қўзғолонга зикр этилганлардан ташқари Кучанинг нуфузли кишиларидан бўлмиш Иброҳим Тўра, Йўлбарс Тўра, Содиқбек, Козимбек, Ғизобек ва Баҳодир Тўхталар ҳам раҳнамолик қилдилар. Булар Рашидиддин Хўжага «Хонхўжа» унвонини беришди. Хонхўжа Қошғар, Хўтан ва Ёркентнинг обрўли кишиларига мурожаат қилиб, уни хон сифатида танишларини сўради. Улар ҳам Хон-хўжани хон деб тан олдилар ва унга мадад беришларини аён қилдилар. 1864 йилга келиб бирин-кетин Урумчи, Қошғар ва Хўтан шаҳарлари озод бўлди. Хонхўжанинг қардоши Исоқхўжа Курла, Қорашаҳар, Турфон ва Хоми шаҳарларига юриш қилди ва ҳамма ерда хитойлардан устун келди. Қорашаҳарда 10 000 аскарлик шаҳар қора хитойлар томонидан қурилган. Чугучак Ўгедей ўрданинг хукумат маркази эди.
Хитой қўшинини мағлуб этиб, Исҳоқхўжа 1866 йил 5 майда Хоми шаҳрини ишғол қилди. Хонхўжа 1865 йили Содиқбек томонидан мустақил идора қилинаётган Оқсув шаҳрига Бурҳониддин бошчилигида қўшин юборди. Содиқбек Хонхўжа ҳукмронлигини тан олишни истамаганлардан бири эди. Бурҳониддин Содиқбек қўшини билан бўлган жангда мағлубиятга учради. Хонхўжа кичик укаси Жалолиддин қўмондонлигида 2500 аскарни Содиқбекка қарши жўнатди. Содиқбек 1000 хитой, 200 қалмоқ ва 1000 мусулмондан иборат аскар билан унга қарши туриб, ғалаба қозонди. Хон-хўжа учинчи мартасида аввалроқ Содиқбекнинг 5 800 кишилик қўшинини Қора Ёлғунда тор-мор келтирган Козимбек бошчилигида 2000 аскарни жўнатди. Содиқбек Қошғарга қочди. 1866 йил 16 июлда Козимбек Оқ-сувни қўлга киритди. Оқсувдаги жангда мағлуб бўлган Бурҳониддин 20 июль 1866 йилда Уч-Турфонга юрди. Хитойларнинг 800 кишидан иборат кичик ҳимоясини осонгина енгган Бурҳониддинни халқ қувонч билан қарши олди. 1866 йил 14 октабрида Бурҳониддин Содиқбек яширинган Қошғар шаҳрини қамал қилди. Бу орада Кутлуғбек Қошғарни мустақил деб эълон қилди. Кутлуғбек билан Содиқбек Хонхўжанинг ҳукмронлигини тан олмаслик юзасидан келишувга эга эди. Содиқбек бир жангда Бурҳониддиндан енгилгач, юзаки бўлса ҳам Бурҳониддинга тобелигини билдиришни истади. Шу муносабат билан Бурҳониддин Содиқбекнинг ўрдагоҳига келганида, уни асир қилиб олдилар. Бурҳониддин Содиқбекнинг Қошғар доирасидаги ҳокимлигини тан олиши ҳисобига озодликка чиқарилиб, орқага қайтади. 1867 йил июлида Қошғарда янги ҳокимият ўрнатган Яқуббек Кучани ишғол қилиб, Шарқий Туркистон (асосан, Куча, Оқсув, Уч-Турфон, Ёркент) хони Рашидиддин Хонхўжани қатл эттирди. Бу воқеа билан 1864 йил 7 июндан 1867 йил июль ойигача давом этган Шарқий Туркистоннинг эркинлик учун ҳаракати якунланди.
Ҳар ҳолда 1863 йил охирига яқин халқ деярли бутун Шарқий Туркистондан хитойларни улоқтириб ташласа ҳам озодликучун бўлган буҳаракатнинг бир қатор чекланишлари бор эди. Хитойлар фақат Янги Ҳисор ва Қошғарнинг Гулбоғ қалъасини ўзларида сақлаб қолди. Ёркент ҳам озод эди, лекин шаҳар ҳокимлари Хонхўжанинг ҳокимиятини тан олмас эди. Шаҳар ҳокимлари - Ҳазрат, Абдураҳмон ва Ниёзбеклар эди. Қалъа эса Хонхўжа ҳокимиятига дахлдор ҳисобланарди. Хўтан аҳолиси хитойларга қарши муваффақиятли қўзғолондан сўнг Ҳабибуллоҳни «подшоҳ» унвони билан ҳукмдор қилиб кўтардилар. Бу хўжа подшо ҳам Хонхўжа ҳокимиятини тан олмади. Бу ҳолат Яқуббекнинг Шарқий Туркистон тарихи саҳнасига чиққунига қадар давом этди. Шарқий Туркистон мустақиллигини тиклаш учун 1826 йилдан бери қилинган уриниш даври, асосан, хўжаларнинг ғайрати ва халқ оммасининг қўзғолонлари йўли билан бирмунча муваффақиятларга эришди. Том маънодаги ҳамжиҳатликка эриша олинмаган бўлса ҳам 1866 йили Шарқий Туркистон мустақиллик нашидасидан баҳраманд бўлди.

Др.Боймирза Ҳайитнинг
"Туркистон Россия ва Хитой оралиғида" китобидан