Туркистон Мухторияти ҳукумати большевиклар томонидан тор-мор қилинса ҳам, у Фарғона водийсида истиқлолчилик ҳаракатини ташкилий жиҳатдан расмийлаштирди, унга миллий бўёқ ва тус берди. Мухторият ҳукуматининг тугатилиши истиқлолчилик ҳаракатининг бутун Фарғона водийсида оммавий равишда бошланишига бир туртки вазифасини ўтадики, чор Россиясининг мустамлакачилик зулми остида эзилиб келган фарғоналиклар энди большевиклар тузуми ва совет Россиясига қарши қуролли курашга отландилар. Демак, Туркистонда совет ҳокимияти ва большевикча тузумга қарши истиқлолчилик ҳаракатининг бошланишини хронологик жиҳатдан 1918 йил феврал ойининг сўнгги ўн кунлигида деб белгилашимиз мумкин.

Дастлабки истиқлолчи гуруҳларининг тузилиши Қўқон атрофидаги Бачқир қишлоғидан чиққан Кичик ва Катта Эргашларнинг номлари билан узвий боғлиқдир. 27 февралда бўлган жангларнинг бирида Кичик Эргаш шаҳид бўлгач, унинг ўрнига Катта Эргаш қўрбоши (уни Мулла Эргаш ҳам дейишган) Фарғона водийсида больше-викларнинг мустамлакачилик тартибига қарши кураш бошлади.
Скобелев уездида эса Марғилон милициясининг собиқ бошлиғи Муҳаммад Аминбек Аҳмадбек ўғли – Мадаминбек советларга қарши кураш эълон қилди. «Яккатут волости Гарбобо қишлоғидаги Мадаминбек гуруҳининг қароргоҳига оммавий равишда маҳаллий ёшлар келиб қўшиларди», деб ёзилади 1918 йилга оид архив ҳужжатлари-нинг бирида.
1918 йил март ойига келиб Фарғона водийсида бир-биридан мустақил равишда 40 дан ортиқ қўрбоши дасталари фаолият кўрсатарди. Мадаминбек Скобелев уездида, ака-ука Шермуҳаммадбек ва Нурмуҳаммадбек Марғилон атрофларида, Омон Паҳлавон, Қобул, Сотиболди Қози ва Раҳмонқул Наманган уездида, Парпи қўрбоши Андижон шаҳри атрофида, Эшмат қўрбоши Қўқоннинг Бувайда қишлоғида, Жонибек Қози Ўзган томонда, Муҳиддинбек Новқатда ўз фаолиятларини бошладилар.
Истиқлолчилик ҳаракатининг ҳарбий бирликка алоқаси бўлмаган қуролли безорилик ёки босқинчилик, ёхуд «босмачилик» ҳаракати эмаслигини алоҳида таъкидлаб ўтиш керак. Истиқлолчилик ҳаракатининг ўзига хос миллий йўналиши ва Туркистонга мос хусусиятлари бўлган. Ҳаракатнинг бошдан охиригача устувор ғоя – бу бутун Туркистоннинг миллий истиқлоли эди.
Совет ҳокимияти вакилларининг бутун Туркистон ўлкасида юритган шовинистик ва мустамлакачилик сиёсати, маҳаллий аҳоли манфаатлари билан ҳисоблашмай улар-нинг нафсониятига тегиши истиқлолчилик ҳаракатининг доимий равишда авж олиши ҳамда унинг узлуксиз давом этишига олиб келди.
Туркистондаги истиқлолчилик ҳаракатининг асосий ҳаракатлантирувчи кучлари деҳқонлар, чорикорлар, мардикорлар, ҳунармандлар ва косиблар эди. Туркистон республикаси раҳбарларидан бирининг эътироф этишича, истиқлолчилик ҳаракатига «асосан деҳқонлар ва ҳунармандлар қатнашди». Фарғонадаги қуролли мухолифат куч ва сон жиҳатдан тиш-тирноғигача қуролланган совет қўшинларидан баъзан мағлубиятга учраб турса-да, эътиқод ва озодлик учун курашаётган истиқлолчилар водийдаги бутун аҳоли орасидан доимо мадад ва ёрдам олиб турардилар.
Туркистондаги истиқлолчилик ҳаракатининг уюшган бир шаклда намоён бўлишида қўрбошилар кўрсатган ғайрат-шижоатни алоҳида таъкидлаб ўтиш керак. Ўз вақтида Фарғона водийсида Кичик ва Катта Эргашлар, Мадаминбек, Шермуҳаммадбек, Ислом Паҳлавон, Бухоро Халқ Республикасида Саид Олимхон (собиқ амир), Иброҳимбек, Мулла Абдулқаҳҳор, Анвар Пошо, Салим Пошо, Давлатмандбек, Жабборбек, Остон Қоровулбеги, Ўрмон Полвон, Ҳайит Амин, Фузайл Маҳдум, Дониёлбек, Хоразм Халқ Республикасида Жунаидхон, ўуломалихон, Қўшмамедхон, Темир Алихон каби қўрбо-шилар бу ҳаракатни ягона кучга бирлаштириш учун раҳбарликни бирин-кетин ўз қўлларига олсалар-да, лекин Фарғона водийси, Хоразм ва Бухородаги истиқлолчилик ҳаракати бошдан охиригача ягона марказга тўлиқ уюша олмади. Туркистон фи-дойиларининг озодлик ҳаракатини ягона марказга бирлаштириш учун изчил кураша-ётган Мадаминбек билан Анвар Пошонинг тақдирлари эса фожиали тугади.
Фарғона водийсидаги истиқлолчилик ҳаракати 1919 йил ёзининг охири ва кузида ўзининг юқори чўққисига чиқди. Мадаминбек бошчилигидаги ислом қўшинлари сафи-га Жалолободда турган рус крестьянлар армиясининг қўшилиши водийда совет ҳоки-миятини ағдариш учун реал куч эди. Сентябрнинг дастлабки кунларида Мадаминбек лашкарлари Жалолобод шаҳрини эгаллади. Қуршоб қасабаси ёнидаги жангларда со-вет армияси қисмлари катта мағлубиятга учраб, Ўш шаҳрига чекинди. 8 сентябрда бир ярим кеча-кундузлик қонли жанглардан кейин Ўш шаҳридаги гарнизон таслим бўлди ва қамоқҳонада ётган маҳбуслар истиқлолчилар томонидан озод қилинди.
Мадаминбек қўшинлари 13 сентябрда Эски Марғилон шаҳрини эгалладилар. Шу билан бирга водийдаги энг йирик стратегик шаҳар-Андижонни қамал қилишга ки-ришдилар. Афсуски, бир ой давомида Фарғона водийсини ларзага келтирган Мада-минбек бошчилигидаги мусулмон қўшинининг ҳужуми пировард натижада мағлубият билан тугади.
1919 йил 22 октябрда Помирнинг Эргаштом овулида бўлган анжуманда Фарғона муваққат мухторият ҳукумати тузилди. Ҳукумат таркибига 16 мусулмон ва 8 рус, ҳам-маси бўлиб 24 киши киритилди. Мадаминбек ҳукумат бошлиғи бўлиши билан бирга Бош қўмондон қилиб ҳам тайинланди.
1919 йилнинг кеч кузига келиб Мадаминбек қўл остида 30 мингга яқин йигит қизил армияга қарши истиқлол жангларини олиб бордилар. Бу пайтда Шермуҳаммадбекда 20000 йигит, Эргаш қўрбошида 8000 йигит бўлган. Айнан ана шу уч лашкарбоши во-дийдаги жанговор ҳаракатларни йўналтириб турганлар.
Мадаминбек сиймосида саркардалик, давлат ва сиёсат арбобига хос сифатлар ўза-ро уйғунлашиб кетган эди. У Фарғона водийсидаги истиқлолчиларнинг ҳақиқий маънодаги доҳийси, тан олинган йўлбошчиси эди. Мадаминбек водийдаги совет ҳокимияти органларига муқобил равишда ўз сиёсий бошқарув усулини жорий қилди. Бундай бошқарув усулини яна Эргаш ва Шермуҳаммадбек қўрбошиларгина жорий эт-ган эдилар.
Туркистондаги истиқлолчилик ҳаракати 1920 йилнинг ёзи ва кузида ўзининг янги босқичига қадам қўйди. Кураш яна ҳам шафқатсиз ва муросасиз тус олди. Фарғона водийси ва Самарқанд вилоятидаги ватанпарварлар билан бир қаторда эндиликда Хоразм ва Бухородаги фидойилар ҳам босқинчи қизил армия жангчиларига қарши муқаддас курашга отландилар. Кураш байроғини водийда Мадаминбек ўрнига энди Шермуҳаммадбек кўтарди. Фарғона водийсидаги бутун қўрбошилар ва тинч аҳоли вакиллари Олтиариқ туманида ўзларининг нав-батдаги қурултойларига тўпландилар. Қурултой 1920 йил 3 майда Туркистон муваққат ҳукуматини тузди. Ушбу қурултойда Шермуҳаммадбек ҳукумат раиси ва ислом қўшинларининг Олий бош қўмондони қилиб сайланди. Большевик маддоҳлардан бирининг эътирофича, «Мадаминбек қўрбошилар ўртасида энг кучлиси бўлган бўлса, Шермуҳаммадбек шубҳасиз, энг хавфлиси эди».
Туркистон МИК раиси Иноғомжон Хидиралиевнинг сал кейинроқ ёзишича, «1920 йил сентябрда босмачиларнинг сони 70000 кишига етди ва кучли ваҳима уйғотди».
Туркистондаги истиқлолчилик ҳаракатининг ғоявий раҳнамолари ҳам етарли да-ражада мавжуд бўлиб, улар асосан жадид мунавварлари ва ислом уламолари эди. Шуни алоҳида таъкидлаш керакки, истиқлолчилик ҳаракатига ғоявий раҳнамолик қилиш борасида жадидлар билан уламолар ўртасида ўзаро рақобат мавжуд эди. Наманганлик Носирхон Тўра Саид Камолхон Тўра ўғли, тошкентлик муфтий Садрид-динхон Махсум Шарифхўжа Қози ўғли, Туркистон МИКнинг собиқ ўринбосари Тўрақул Жонузоқов, асли бошқирдистонлик Аҳмад Закий Валидий Тўғон ва бошқалар ис-тиқлолчилик ҳаракатининг ғоявий мафкурачилари эдилар. Ҳаракатга раҳбарлик қилган ислом уламолари орасида яссавийлик ва нақшбандийлик тариқатларининг пирлари кўп бўлган.
1920-1924 йилларда истиқлолчилик ҳаракати Бухоро ва Хоразм республикаларида ҳам авж олди. Бухоро Халқ Республикасидаги ҳаракатнинг Туркистондаги истиқлол-чилик ҳаракатидан фарқ қиладиган асосий томони шундан иборатки, ватанпарварлар Бухорода икки жабҳада туриб кураш олиб боришларига тўғри келди. Бир томондан, амирлик тузуми тарафдорлари бўлган мужоҳидлар, жадидлардан иборат. Бухоро ҳукуматига ва шунингдек, қизил армия қўшинларига қарши кураш олиб бордилар (Иброҳимбек, Мулла Абдулқаҳҳор ва б.). Иккинчи томондан, миллий истиқлол ғояла-рига содиқ бўлган бухоролик ватанпарварлар Файзулла Хўжаев бошлиқ Бухоро Халқ Республикаси ҳукумати билан яширин алоқалар ўрнатиб, Бухоронинг муқаддас тупроғидан қизил аскарларнинг олиб кетилиши, Бухоро республикасининг мустақил-лиги амалда қарор топиши учун курашдилар (Анвар Пошо, Давлатмандбек, Жаббор-бек, Дониёлбек ва б.).
Хоразм Халқ Республикасида қизил армияга қарши курашнинг тепасида Жунаидхон турди. У Хоразмда сиёсий ҳокимият учун кураш бошлаб, катта муваффақиятларга эришди. Қисқа муддатда Жунаидхон ўз қўшинини 20000 кишига етказди. Ўзбек ҳу-нармандлари ва деҳқонларидан ташкил топган дасталарга Мадраимбой, Саъдулла бола, Шокир бола ва бошқалар раҳбарлик қилган. Жунаидхон бошчилигидаги мужоҳидлар ҳужумга ўтиб, 1920 йил ёзида Қўҳна Урганч, Хўжайли, Илонли ва Тахта-ни қайта эгаллашди, кўплаб қизил аскарларни асирга олишди. Жунаидхон совет қўмондонлигига махсус мактуб юбориб, агар қўшинлар Хоразмдан олиб чиқиб кетил-маса, асирларни отиб ташлашини билдирди. Бироқ совет қўмондонлиги Жунаидхон-нинг ҳақли талабларини рад қилгач, у босқинчиларни отиб ташлашга буюрди.
1924 йилга келганда истиқлолчилар иқтисодий таназзул ва қашшоқлик, даҳшатли очлик, халқнинг оғир турмушини кўрмасликлари мумкин эмас эди. Тинимсиз давом этган етти йиллик курашдан Туркистон халқлари ҳам, қўрбоши ва уларнинг йигитла-ри ҳам жуда толиққан эдилар. Шунинг учун қасоскорларнинг кўпчилиги 1924 йил да-вомида қаршиликни тўхтатдилар. Бунга уларнинг раҳбарлари орасида жипслик ва умумий дастурнинг йўқлиги ҳам сабаб бўлди.
Лекин ҳали олдинда курашнинг тўлиқ ўн йили турар эди. Ватанпарварлар яна 1935 йилгача босқинчи қизил армия қўшинларига қарши курашини олиб бордилар.